Dorobek naukowy prof. Jana Sławomira Samka jest bardzo bogaty, obejmuje ponad 520 opublikowanych opracowań naukowych, w tym 34 książki. Dodatkowo ponad 250 opracowań jest gotowych i czeka na druk. Trudno tutaj wymienić wszystkie pozycje, wiec wspomnę tylko wybrane. Do najważniejszych prac należą, poczynając od 1956 roku Katalogi Zabytków Sztuki w Polsce, efekt trwającej wiele lat współpracy Jana Samka z prof. Adamem Bochnakiem, w tym Kościoły i klasztory Śródmieścia. Kraków, potem kolejne 14 tomów Katalogu Zabytków Sztuki w Polsce Województwa Katowickiego (współredakcja z żoną). W tym okresie w ramach współpracy z Polskim Słownikiem Biograficznym, powstały też liczne biografie artystów. Kolejne książki to: Polskie rzemiosło artystyczne. Czasy nowożytne, Polskie rzemiosło artystyczne. Średniowiecze, Skarby Jasnej Góry ( 19 edycji w pięciu różnych językach), Klejnoty Jasnej Góry (2 wydania), Kościół Mariacki, Dzieje złotnictwa w Polsce, Skarbiec Bazyliki Mariackiej w Krakowie, Uniwersytecka Kolegiata św. Anny w Krakowie, Collegium Novum UJ, Collegium Sanockie UJ, Dzieje sztuki żydowskiej w Polsce (współautorstwo z żoną), Dzieje sztuki Polskiej dla pedagogów, cykl pt.: Sztuka i Pedagogika.
Obecnie jedynym właścicielem autorskich praw majątkowych do wszelkich opracowań naukowych po prof. Janie Sławomirze Samku jest jego córka Elżbieta Anna Sadkowski.
L’œuvre scientifique du professeur Jan Sławomir Samek est très riche, elle comprend plus de 520 études scientifiques publiées, dont 34 livres. Il y en a encore plus de 250 de prêtes qui attendent d’être imprimées. Il est très difficile de citer tous les titres, donc je n’en citerai que quelques-uns. Parmi ses œuvres les plus importantes qu’il créa à partir de 1956, il y a des Catalogues des Monuments d’Art en Pologne – un résultat de nombreuses années de sa collaboration avec le professeur Adam Bochnak, dont Les Eglises et monastères du centre-ville de Cracovie, ensuite 14 volumes des Catalogues des Monuments d’Art en Pologne – Voïévodie de Katowice (corédaction avec son épouse). Pendant cette même période, dans le cadre de sa collaboration au projet de Dictionnaire Biographique Polonais – il écrivit un certain nombre de biographies des artistes. Parmi ses autres livres on peut citer : L’Artisanat artistique polonais. Epoque moderne, L’Artisanat artistique polonais. Moyen Age, Les Trésors de Jasna Góra (19 éditions en cinq langues), Les Joyaux de Jasna Góra (2 éditions), L’Eglise de Notre Dame. L’histoire de l’orfèvrerie en Pologne, Trésors de la Basilique Notre-Dame de Cracovie, Collégiale Universitaire Sainte Anne à Cracovie, Collegium Novum de l’Université Jagellonne, L’Histoire de l’art juif en Pologne (coauteur avec son épouse). L’Histoire de l’art polonais pour les pédagogistes, cycle intitulé Art et Pédagogie.
Actuellement, les droits patrimoniaux de l’auteur sur toutes les études scientifiques du professeur Jan Sławomir Samek appartiennent exclusivement à sa fille, Elżbieta Anna Sadkowski.